本作は、今まで観てきたコナン映画の中でトップクラスにぶっ飛んでいる作品と言える。冒頭から、「WSG ワールド・スポーツ・ゲームス」のセレモニーで鈴木園子の父が誘拐される事件が勃発する。すると待ってましたと言わんばかりに吉田歩美、円谷 光彦、小嶋 元太の三人、通称:少年探偵団が先陣を切って推理を始める。いつもは食い意地係としてしか機能していない元太が、鰻の匂いを嗅ぎ分ける特殊能力を使って父を救出するファインプレーを魅せつけるのだ。こうしていくうちにFBIや赤井一族を巻き込んだ陰謀戦が始まる。